コマンドを実行するターミナルは、Cygwin デフォルトだと、文字コードが混ざったりした場合、
使いにくいので、cygwin ck terminal emulator を使います。

ここから ck-3.6.4.zip をダウンロード。
bin-x86_64 の中にある、ck.app.dll, ck.con.exe, ck.exe をcygwin64/bin へコピー。
.ck.config.js は cygwin64/home/ユーザ名 へコピー。

ウィンドウの背景は少し透過させる。

Config.window.transparent     = 0xE8;

フォントと、フォントサイズの設定。

Config.window.font_name = "MS Gothic"
Config.window.font_size = 9;

文字色と背景色の設定。

Config.window.color_foreground    = 0xCCCCCC;
Config.window.color_background    = 0x001133;

Config.window.color_color9  = 0xCC0000;
Config.window.color_color10 = 0x00CC00;
Config.window.color_color11 = 0xCCCC00;
Config.window.color_color12 = 0x0000CC;
Config.window.color_color13 = 0xCC00CC;
Config.window.color_color14 = 0x00CCCC;
Config.window.color_color15 = 0xCCCCCC;

cygwin64/bin にコピーした ck.exe を起動します。