design.cssに２ペイン用のcssを記述します。

#ydlBoxMenu {
  margin: 0px;
  padding: 8px;
  width: 208px;
  float: left;
}

#ydlBoxPage {
  margin: 0px;
  padding: 8px;
  width: 712px;
  float: left;
}

main.phpの本文表示部分を２ペイン化し、目次はsidemenuとします。
サイドメニューは、doku.php?id=sidemenu で直接アクセスし作成します。
一度作ってしまえば、次は索引から編集可能です。

      </div>
    </div>

    <div id="ydlBoxMid">
      <div class="dokuwiki">
        <div id="ydlBoxMenu">
          <?php print p_wiki_xhtml('sidemenu','',false); ?>
        </div>
        <div id="ydlBoxPage">
          <div class="page">
            <!-- wikipage start -->
            <?php tpl_content()?>
            <!-- wikipage stop -->
          </div>

          <div class="clearer">&nbsp;</div>

          <?php flush()?>
        </div>
      </div>
    </div>

    <div id="ydlBoxMid">
      <div class="dokuwiki">

２ペイン後の結果はこんな感じ。