まず動作クロック(１秒間に処理できるステート数)を調べます。
今回は秋月の3052なので25MHz=25000000Hz。
1ms=0.001sのウェイトなので、25000000/1000=25000。
25000ステートの待ち時間を作れば良い事になります。

で、プログラムのステート時間を調べるのですが、ここに大きな問題があります。
プログラムや、データの置いてあるメモリによって実行速度が違います(実行ステート数表)。

開発環境は大きく別けて３つ。

1. プログラムやデータが小さいものを内部RAMのみでデバッグ。(ROMと同じ実行速度)
   表で言うと、「プログラム内部　データ内部」と「プログラム内部　I/O」になります。
   
2. プログラムやデータが大きいので外部RAMのみでデバッグ。
   表で言うと、「プログラム外部　データ外部」と「プログラム外部　I/O」になります。
3. プログラムやデータが大きいので外部RAM、速度が必要なものは内部RAMでデバッグ。
   表で言うと、「プログラム外部　データ内部」と「プログラム外部　データ外部」と
   「プログラム外部　I/O」になります。

１と２の実行速度は２～３倍くらい違います。外部RAMのみ処理落ちしてもROM化すると
動く可能性があります。

LEDの点滅をさせたりするために簡単なウェイト処理を書いてみます。
まず関数の説明を書きます。

;******************************************************************************
;       1ms ウェイト(25MH で 25000-10)
;
;       _Wiat1ms
;         2004/11/06 : 初期バージョン完成
;
;       [書式]  void Wait1ms(Uint16 wait) ;
;
;       [IN]    wait    = ウェイト値(ms)
;
;       [OUT]   なし
;
;       [DED]   ER0
;******************************************************************************

C言語からも、アセンブラからも呼べるように宣言。

                public  _Wait1ms
                public  WAIT_1ms

C言語なら引数をE0に取得(_Wait1ms)。
アセンブラなら既にE0に値が入って呼ばれるので処理なし(WAIT_1ms)。

_Wait1ms:       MOV.W   @(4,ER7),E0             ;  6:14 E0 = wait
WAIT_1ms: 

1ms分ループで待つ。ウェイト値(3120と1038)は動作モードによって変更します。
内部 RAM のみなら、以下のようになります。

25000 = 呼び出し時間-セットアップ時間 - ループ時間 x n - リターン時間
n = (25000 - 呼び出し時間 - セットアップ時間 - リターン時間) / ループ時間
n = (25000 - 10 - 6 - 4 - 4 - 4 - 6 - 10) / (4 + 4) = 3119.5 ≒ 3120

                MOV.W   #3120,R0                ;  4:12 ROM か 内蔵 RAM
;               MOV.W   #1038,R0                ;  4:12 外部 RAM
LOOP_1ms:       SUB.W   #1,R0                   ;  4:12
                BNE     LOOP_1ms                ;  4:12

回数が0になるまで1msウェイト処理へ。

                SUB.W   #1,E0                   ;  4:12
                BNE     WAIT_1ms                ;  4:14

呼び出し元へ処理を戻す。

                RTS                             ; 10:26

まとめるとこんな感じになります。

;******************************************************************************
;       1ms ウェイト(25MH で 25000-10)
;
;       _Wiat1ms
;         2004/11/06 : 初期バージョン完成
;
;       [書式]  void Wait1ms(Uint16 wait) ;
;
;       [IN]    wait    = ウェイト値(ms)
;
;       [OUT]   なし
;
;       [DED]   ER0
;******************************************************************************
                public  _Wait1ms
                public  WAIT_1ms
_Wait1ms:       MOV.W   @(4,ER7),E0             ;  6:14 E0 = wait
WAIT_1ms:
                MOV.W   #3120,R0                ;  4:12 ROM か 内蔵 RAM
;               MOV.W   #1038,R0                ;  4:12 外部 RAM
LOOP_1ms:       SUB.W   #1,R0                   ;  4:12
                BNE     LOOP_1ms                ;  4:12
                SUB.W   #1,E0                   ;  4:12
                BNE     WAIT_1ms                ;  4:14
                RTS                             ; 10:26